I Økologisk jordbrug må man ikke bruge kunstgødning. Man bruger i stedet grøngødning og gødning fra husdyr for at give ekstra næring til jorden.

I økologisk landbrug er idealet, at næringsstofferne går i kredsløb. De næringsstoffer, der bliver solgt i form af mælk, kød, grøntsager osv., bør vende tilbage til gården.

Sådan fungerer økologisk landbrug endnu ikke i praksis, men der arbejdes hen imod det. Et af målene er at udfase konventionel husdyrgødning fra det økologiske landbrug fra 2015-2021. I mellemtiden er det tilladt at importere en mindre mængde ikke økologisk husdyrgødning og nogle enkelte andre typer gødning, under visse betingelser. Men ikke kunstgødning som i det konventionelle landbrug.

Næringsstoffer er afgørende

Afgrødernes forsyning med næringsstoffer er en omfattende opgave for den økologiske landmand. Han skal tænke anderledes og forebygge, at der opstår problemer. Hvis der mangler næringsstoffer i gødningsplanen, eller der opstår næringsstofmangel i en afgrøde, kan han ikke bare køre kunstgødning ud.

Gårdens egne næringsstoffer og kløverplanternes evne til at udnytte luftens kvælstof skal udnyttes til det yderste. Det betyder, for det første, at de biologiske processer i jorden skal støttes på alle fronter. For det andet skal tab af næringsstoffer fra bedriften gøres så små som muligt.
Sædskiftet og jordbehandlingen er de vigtigste redskaber i den langsigtede planlægning og styring.

Husdyrgødning
Normalt regner man med fire former for husdyrgødning:

• Ajle er ren urin - en væske, der er tynd som vand (bruges næsten ingen steder i dag).
• Gylle er en blanding af urin og faste ekskrementer. Det er en væske, dog noget tykkere end ajle. (langt det mest udbredte).
• Fast gødning er faste ekskrementer blandet op med halm (bruges næsten ingen steder i dag).
• Dybstrøelse er en blanding af urin, ekskrementer og halm, og er derfor ikke flydende.

I modsætning til kunstgødning, indeholder husdyrgødningen ikke kun plantenæringsstoffer. Med den tilfører man også energi, i form af kulstof, til jordens organismer. Det betyder, at jorden bliver mere frugtbar.

Den faste gødning og dybstrøelsen tilfører mest kulstof til jorden. Til gengæld er det i de fleste tilfælde nødvendigt med en pløjning for at få den ordentligt ned i jorden. Både gylle og ajle er nemmere at håndtere og frigiver kvælstof hurtigere end fast gødning og dybstrøelse.

For at mindske tabet af næringsstoffer til miljøet (luft og grundvand) skal husdyrgødning generelt bruges i forårsmånederne. Den faste gødning pløjer man straks ned, mens man harver eller nedfælder den flydende gødning for at blande den med jorden.

Grøngødning
Grøngødning er en afgrøde, der først og fremmest dyrkes for at opsamle og bringe kvælstof ind i sædskiftet. Bedrifter med husdyrhold har adgang til kvælstof fra dyrenes gødning. Og dyrenes græsmarker fungerer som efterafgrøder, der opsamler kvælstof. Bedrifter uden husdyr har derimod et særligt behov for at arbejde direkte med grøngødning. På disse bedrifter er der mangel på kvælstof, så grøngødning er helt essentiel for at skaffe næringsstoffer og undgå at tabe nogle af dem ud af systemet. 

Grøngødning kan bidrage til et bedre miljø for nyttige insekter. En vinterfast grøngødning betyder derudover, at jorden beskyttes mod vind og vejr i vinterhalvåret.  

Affald som gødning

Det er målet i økologisk jordbrug at få tilbageført de næringsstoffer, som bliver solgt. Det er fx oplagt at bruge det kildesorterede og komposterede husholdningsaffald som gødning på markerne. Men det er kun tilladt, hvis der er sikkerhed for, at affaldet ikke forurener jorden med tungmetaller eller andre giftige stoffer.